یک کارآگاه زبده در یوکوهاما، هنگام تحقیق در مورد یک پرونده مواد مخدر، شاهدی را به قتل می‌رساند. او به حومه شهر فرار کرده و چندین سال از گذشته‌اش می‌گریزد، اما پس از بازگشت متوجه می‌شود زنی که دوستش داشت با شریک سابقش ازدواج کرده است. او در جستجوی پاسخ‌هایی برای گذشته پرآشوب خود است، در حالی که می‌داند سرنوشت شوم و اجتناب‌ناپذیرش کم‌وبیش رقم خورده است.

یک آدم‌کش جوان یاکوزا به نام گورو، پس از انجام یک مأموریت، نیاز دارد مدتی دور از توکیو مخفی شود. او با زنان بی‌بندوبار و مردان سرسخت وقت می‌گذراند و همیشه موفق می‌شود یک قدم جلوتر از قانون بماند. در دوران تبعیدش، او در معرض اتهام یک قتل قرار می‌گیرد و با دوست‌دختر مقتول آشنا می‌شود. آن‌ها پیوند عجیبی برقرار می‌کنند، در حالی که گورو نمی‌داند آدم‌کش دیگری به خاطر کاری که در توکیو انجام داده، در تعقیب اوست.

این فیلم که در سال‌های رو به زوال شوگونات توکوگاوا روایت می‌شود، جزئیات دلاوری‌های بحث‌برانگیز سه رونین را دنبال می‌کند که به عنوان «شکارچیان سایه» فعالیت می‌کنند. این سه نفر اراذل و اوباش معمولی نیستند که به دنبال نوشخواری و دعوا باشند؛ بلکه سامورایی‌های سابق هستند که به جای انجام سپوکو پس از نابودی اربابانشان، مهارت شمشیرزنی خود را وقف متوقف کردن دولت از غارت منابع ارزشمند دایمیوها کرده‌اند.

در این دنباله بر اقتباس خونین توشیو ماسودا از مانگای تاکائو سایتو، دایمیوی بزرگ برای اطمینان از تحویل یک توپ جنگی غیرقانونی، از سه شکارچی سایه کمک می‌گیرد. با وجود مهارت خیره‌کننده شکارچیان سایه، این ماموریت اصلا آسان نیست و آن‌ها برای زنده ماندن باید با ارتش بی‌رحمی از نینجاها و زنان جنگجو روبرو شوند که حاضرند جان خود را فدا کنند تا در تحویل توپ اختلال ایجاد کرده و آن را برای خود تصاحب کنند.